تؤدي أنظمة التحكم بالمستودع (WCS) دوراً جوهرياً في بيئات المستودعات المؤتمتة الحديثة. ومع نشر المستودعات لتقنيات أتمتة متعددة مثل أنظمة النواقل وبنية الأسطوانات المُحرَّكة والأنظمة الروبوتية وتقنيات انتقاء الطلبات، يجب أن تعمل هذه الأنظمة معاً بطريقة منسَّقة وفعّالة. ويعمل نظام التحكم بالمستودع كطبقة الذكاء التشغيلي التي تنسّق جميع معدات الأتمتة ضمن بيئة المستودع. ويضمن عمل النواقل وأنظمة الانتقاء ومعدات الفرز وبنية مناولة المواد بشكل متزامن مع الحفاظ على تدفق منتجات فعّال عبر عمليات المستودع. وضمن منظومة الأتمتة الصناعية، يربط نظام التحكم بالمستودع منصات برمجيات المؤسسة بمعدات الأتمتة المادية، بما يتيح تنسيقاً لحظياً للعمليات اللوجستية.